Historia

El club Neuhaus fue fundado en 1907 como el SV 07 Neuhaus y en 1959 se unió al TuS 1910 Sennelager y pasó a llamarse TuS Schloss Neuhaus. Los equipos de Neuhaus y de Paderborn y luego la unión de ambos, jugaron la mayor parte de sus historias en la primera división.

El club es el más conocido por estar envuelto, aparentemente en forma involuntaria, en un caso notorio de corrupción en el fútbol. El 21 de agosto de 1984, jugando por la Copa de Alemania, el SC Paderborn 07 derrotó 4:2 al Hamburgo SV. En enero de 2005 se descubrió que el árbitro del partido, había aceptado dinero de sindicatos del juego croatas para "arreglar" el partido. Durante el desarrollo del mismo pitó dos penaltis inexistentes y expulsó un jugador en forma más que discutible. Pronto se supo que este partido era solamente uno de muchos donde la mafia había comprado árbitros, entrenadores y jugadores para influir en el resultado de los partidos. El escándalo se convirtió en el más grande del fútbol alemán en treinta años.

En la temporada 2002/03, el SC Paderborn se estrena en la Regionalliga Nord (Tercera División en el sistema de fútbol alemán), en la que participaría durante 4 temporadas consecutivas.

Un constante mejoramiento en la Regionalliga Nord (III) llevó al Paderborn a avanzar a la segunda división en 2005. Pasaron la mayor parte de la década siguiente como equipo de media tabla hacia abajo en la 2. Bundesliga antes de abrirse paso en la temporada 2013-2014. Una victoria por 2-1 en casa sobre Aalen el 11 de mayo de 2014 le aseguró un segundo puesto y un ascenso a la 1. Bundesliga por primera vez en la historia del club. Sin embargo, la celebración duró poco ya que fueron relegados inmediatamente de la Bundesliga en la temporada 2014–15. Luego después de solo seis victorias y 28 puntos en la temporada 2015-16, el SC Paderborn fue relegado a la 3. Bundesliga, terminando en el puesto 18. El club se ubicó en el puesto 18 por tercera temporada consecutiva (en tres ligas diferentes) cuando finalizó la temporada 2016-17, pero evitó otro descenso en el sistema de ligas del fútbol alemán debido al descenso del TSV 1860 Múnich desde la 2. Bundesliga a la Regionalliga Bayern.

Jugó en 2. Bundesliga 3 temporadas consecutivas: la edición 2005/06; 2006/07; 2007/08, descendiendo por malos resultados al final de esta última a 3. Bundesliga.

Vuelve a 2. Bundesliga rápidamente: participa nuevamente en la edición 2009/10 tras estar sólo una temporada en la Tercera División. Se mantiene estable en 2.ª División durante 5 ediciones consecutivas: 2009/10; 2010/11; 2011/12; 2012/13 y 2013/14. Tras esta última edición, SC Paderborn 07 conseguiría un hito histórico: tras finalizar 2.º en la tabla, ascendió a la Bundesliga por primera vez en su historia.